Servidor MCP de UniProt

Un servidor integral de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) que proporciona acceso avanzado a la base de datos de proteínas de UniProt. Este servidor ofrece 26 herramientas bioinformáticas especializadas que permiten a los asistentes de IA y clientes MCP realizar investigaciones sofisticadas de proteínas, genómica comparativa, análisis de biología estructural y biología de sistemas directamente a través de la API REST de UniProt.

Desarrollado por

Características

Análisis de proteínas básicas (5 herramientas)

• Búsqueda de proteínas : busque en la base de datos UniProt por nombre de proteína, palabras clave u organismo

• Información detallada sobre proteínas : recupere información completa sobre proteínas, incluidas funciones, estructura y anotaciones.

• Búsqueda basada en genes : encuentre proteínas por nombre o símbolo de gen

• Recuperación de secuencias : obtenga secuencias de aminoácidos en formato FASTA o JSON

• Análisis de características : acceso a dominios funcionales, sitios activos, sitios de unión y otras características de las proteínas.

Análisis comparativo y evolutivo (4 herramientas)

• Comparación de proteínas : comparación lado a lado de múltiples proteínas con análisis de secuencias y características

• Descubrimiento de homólogos : encuentre proteínas homólogas en diferentes especies

• Identificación de ortólogos : identificar proteínas ortólogas para estudios evolutivos

• Análisis filogenético : recuperar relaciones evolutivas y datos filogenéticos

Análisis de estructura y función (4 herramientas)

• Información de estructura 3D : acceda a referencias PDB y datos estructurales

• Análisis de dominio avanzado : análisis de dominio mejorado con anotaciones InterPro, Pfam y SMART

• Análisis de variantes : variantes y mutaciones asociadas a enfermedades

• Composición de la secuencia : composición de aminoácidos, hidrofobicidad y otras propiedades de la secuencia

Análisis del contexto biológico (4 herramientas)

• Integración de vías : vías biológicas asociadas de KEGG y Reactome

• Interacciones de proteínas : Redes de interacción proteína-proteína

• Clasificación funcional : búsqueda por términos GO o anotaciones funcionales

• Localización subcelular : Encuentra proteínas por localización subcelular

Procesamiento por lotes y búsqueda avanzada (3 herramientas)

• Procesamiento por lotes : procese de manera eficiente múltiples accesiones de proteínas

• Búsqueda avanzada : consultas complejas con múltiples filtros (longitud, masa, organismo, función)

• Clasificación taxonómica : Búsqueda por clasificación taxonómica detallada

Literatura y referencias cruzadas (3 herramientas)

• Enlaces a bases de datos externas : enlaces a PDB, EMBL, RefSeq, Ensembl y otras bases de datos

• Referencias bibliográficas : publicaciones y citas asociadas

• Calidad de anotación : puntuaciones de calidad y niveles de confianza para diferentes anotaciones

Exportación de datos y utilidades (3 herramientas)

• Exportación especializada : Exporte datos en formatos GFF, GenBank, EMBL y XML

• Validación de acceso : verificar la validez del número de acceso de UniProt

• Información taxonómica : Clasificación taxonómica detallada y datos de linaje

Plantillas de recursos

• Acceso directo a datos de proteínas a través de plantillas URI para una integración perfecta

Instalación

Prerrequisitos

• Node.js (v16 o superior)

• npm o hilo

Configuración

1. Clonar el repositorio:

2. Instalar dependencias:

3. Construir el proyecto:

Estibador

Construyendo la imagen de Docker

Construya la imagen de Docker:

Ejecutando con Docker

Ejecute el contenedor:

Para la integración del cliente MCP, puede utilizar el contenedor directamente:

Docker Compose (opcional)

Cree un docker-compose.yml para una gestión más sencilla:

Correr con:

Uso

Como servidor MCP

El servidor está diseñado para ejecutarse como un servidor MCP que se comunica a través de stdio:

Agregar a la configuración del cliente MCP

Agregue el servidor a su configuración de cliente MCP (por ejemplo, Claude Desktop):

Herramientas disponibles

1. proteínas de búsqueda

Busque en la base de datos UniProt proteínas por nombre, palabra clave u organismo.

Parámetros:

• query (obligatoria): Consulta de búsqueda (nombre de proteína, palabra clave o búsqueda compleja)

• organism (opcional): nombre del organismo o ID de taxonomía para filtrar los resultados

• size (opcional): Número de resultados a devolver (1-500, predeterminado: 25)

• format (opcional): Formato de salida: json, tsv, fasta, xml (predeterminado: json)

Ejemplo:

2. obtener_información_proteica

Obtenga información detallada de una proteína específica por acceso a UniProt.

Parámetros:

• accession (obligatoria): Número de acceso de UniProt (por ejemplo, P04637)

• format (opcional): Formato de salida: json, tsv, fasta, xml (predeterminado: json)

Ejemplo:

3. búsqueda_por_gen

Busque proteínas por nombre de gen o símbolo.

Parámetros:

• gene (obligatorio): Nombre o símbolo del gen (p. ej., BRCA1, INS)

• organism (opcional): nombre del organismo o ID de taxonomía para filtrar los resultados

• size (opcional): Número de resultados a devolver (1-500, predeterminado: 25)

Ejemplo:

4. obtener_secuencia_de_proteína

Obtenga la secuencia de aminoácidos de una proteína.

Parámetros:

• accession (obligatorio): Número de adhesión de UniProt

• format (opcional): Formato de salida: fasta, json (predeterminado: fasta)

Ejemplo:

5. obtener_características_de_la_proteína

Obtenga características y dominios funcionales para una proteína.

Parámetros:

• accession (obligatorio): Número de adhesión de UniProt

Ejemplo:

Plantillas de recursos

El servidor proporciona acceso directo a los datos de UniProt a través de plantillas URI:

1. Información sobre las proteínas

• URI : uniprot://protein/{accession}

• Descripción : Información completa sobre proteínas para una accesión UniProt

• Ejemplo : uniprot://protein/P01308

2. Secuencia de proteínas

• URI : uniprot://sequence/{accession}

• Descripción : Secuencia de proteína en formato FASTA

• Ejemplo : uniprot://sequence/P01308

3. Resultados de la búsqueda

• URI : uniprot://search/{query}

• Descripción : Resultados de la búsqueda de proteínas que coinciden con la consulta

• Ejemplo : uniprot://search/insulin

Ejemplos

Búsqueda básica de proteínas

Búsqueda de proteínas de insulina en humanos:

Obtenga información detallada sobre las proteínas

Obtenga información completa sobre la insulina humana:

Búsqueda basada en genes

Encuentre proteínas asociadas al gen BRCA1:

Recuperar secuencia de proteínas

Obtenga la secuencia de aminoácidos de la insulina humana:

Analizar las características de las proteínas

Obtenga dominios funcionales y características para la insulina humana:

Integración de API

Este servidor se integra con la API REST de UniProt para el acceso programático a los datos de proteínas. Para más información sobre UniProt:

• Sitio web de UniProt : https://www.uniprot.org/

• Documentación de la API : https://www.uniprot.org/help/api

• Guía de API REST : https://www.uniprot.org/help/api\_queries

Todas las solicitudes de API incluyen:

• Agente de usuario : UniProt-MCP-Server/1.0.0

• Tiempo de espera : 30 segundos

• URL base : https://rest.uniprot.org (solo acceso programático)

Manejo de errores

El servidor incluye un manejo integral de errores:

• Validación de entrada : todos los parámetros se validan mediante protectores de tipo

• Errores de API : los errores de red y API se detectan y se devuelven con mensajes descriptivos.

• Manejo de tiempo de espera : las solicitudes se agotan después de 30 segundos

• Degradación elegante : las fallas parciales se manejan adecuadamente

Desarrollo

Construir el proyecto

Modo de desarrollo

Ejecute el compilador de TypeScript en modo de observación:

Estructura del proyecto

Dependencias

• @modelcontextprotocol/sdk : SDK principal de MCP para la implementación del servidor

• axios : cliente HTTP para solicitudes de API de UniProt

• typescript : compilador de TypeScript para desarrollo

Licencia

Licencia MIT

Contribuyendo

1. Bifurcar el repositorio

2. Crear una rama de características

3. Realiza tus cambios

4. Agregue pruebas si corresponde

5. Enviar una solicitud de extracción

Apoyo

Para problemas y preguntas:

1. Consulte la documentación de la API de UniProt

2. Revise la especificación del Protocolo de Contexto del Modelo

3. Abrir un problema en el repositorio

Acerca de la naturaleza aumentada

Este completo servidor UniProt MCP fue desarrollado por Augmented Nature , empresa líder en innovación en soluciones de bioinformática y biología computacional basadas en IA. Augmented Nature se especializa en la creación de herramientas avanzadas que conectan la inteligencia artificial con la investigación biológica, permitiendo a los investigadores obtener información más profunda a partir de datos biológicos.

Referencia completa de herramientas

Herramientas básicas de análisis de proteínas

1. search_proteins - Busque en la base de datos de UniProt por nombre, palabra clave u organismo

2. get_protein_info - Obtenga información detallada de proteínas por accesión

3. search_by_gene - Encuentra proteínas por nombre de gen o símbolo

4. get_protein_sequence - Recuperar secuencias de aminoácidos

5. get_protein_features - Acceda a funciones y dominios funcionales

Herramientas de análisis comparativo y evolutivo

6. compare_proteins - Compara múltiples proteínas una al lado de la otra

7. get_protein_homologs - Encuentra proteínas homólogas en diferentes especies

8. get_protein_orthologs - Identificar proteínas ortólogas

9. get_phylogenetic_info - Recuperar relaciones evolutivas

Herramientas de análisis de estructura y función

10. get_protein_structure : acceso a información de estructura 3D desde PDB

11. get_protein_domains_detailed - Análisis de dominio mejorado (InterPro, Pfam, SMART)

12. get_protein_variants - Variantes y mutaciones asociadas a enfermedades

13. analyze_sequence_composition - Análisis de la composición de aminoácidos

Herramientas del contexto biológico

14. get_protein_pathways - Vías biológicas asociadas (KEGG, Reactome)

15. get_protein_interactions - Redes de interacción proteína-proteína

16. search_by_function - Búsqueda por términos GO o anotaciones funcionales

17. search_by_localization - Encuentra proteínas por localización subcelular

Procesamiento por lotes y herramientas de búsqueda avanzada

18. batch_protein_lookup - Procesar múltiples accesiones de manera eficiente

19. advanced_search - Consultas complejas con múltiples filtros

20. search_by_taxonomy - Búsqueda por clasificación taxonómica

Literatura y herramientas de referencia cruzada

21. get_external_references - Enlaces a otras bases de datos (PDB, EMBL, RefSeq, etc.)

22. get_literature_references - Publicaciones y citas asociadas

23. get_annotation_confidence - Puntuaciones de calidad para anotaciones

Herramientas de exportación de datos y utilidades

24. export_protein_data - Exportación en formatos especializados (GFF, GenBank, EMBL, XML)

25. validate_accession - Verificar la validez del número de acceso

26. get_taxonomy_info - Información taxonómica detallada

Registro de cambios

v1.0.0 - Plataforma integral de bioinformática

• Gran expansión : se agregaron 21 nuevas herramientas especializadas (total: 26 herramientas)

• Análisis comparativo : comparación de proteínas, identificación de homólogos/ortólogos, análisis filogenético

• Biología estructural : integración de estructuras 3D, análisis detallado de dominios, análisis de variantes

• Biología de sistemas : Integración de vías, interacciones de proteínas, clasificación funcional

• Búsqueda avanzada : procesamiento por lotes, filtrado complejo, búsqueda taxonómica

• Integración de literatura : enlaces a bases de datos externas, citas, confianza en las anotaciones

• Exportación de datos : Múltiples formatos especializados (GFF, GenBank, EMBL, XML)

• Compatibilidad mejorada con Docker : compilaciones de varias etapas con las mejores prácticas de seguridad

• Documentación completa : referencia completa de herramientas y ejemplos

• Desarrollado por Augmented Nature : Plataforma bioinformática profesional