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qualityConnects Claude AI to QGIS through the Model Context Protocol, allowing Claude to directly interact with and control QGIS for tasks like project creation, layer manipulation, and code execution.
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PyMOL-MCP: Integración de PyMOL con Claude AI
PyMOL-MCP conecta PyMOL con Claude AI mediante el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP), lo que permite a Claude interactuar directamente con PyMOL y controlarlo. Esta potente integración facilita la biología estructural conversacional, la visualización molecular y el análisis mediante lenguaje natural.
https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36
Características
Comunicación bidireccional : Conecte Claude AI a PyMOL a través de un servidor basado en sockets
Análisis inteligente de comandos : procesamiento del lenguaje natural para comandos PyMOL
Control de visualización molecular : manipule representaciones, colores y vistas
Análisis estructural : realizar mediciones, alineaciones y otros análisis
Ejecución de código : ejecute código Python arbitrario en PyMOL desde Claude
Guía de instalación
Prerrequisitos
PyMOL instalado en su sistema
Claude para escritorio
Python 3.10 o más reciente
Git
Paso 1: Instalar el Administrador de paquetes UV
En macOS:
brew install uv
En Windows:
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%
Para otras plataformas, visita la guía de instalación de UV .
Paso 2: Clonar el repositorio
git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp
Paso 3: Configurar el entorno
Crear y activar un entorno virtual de Python:
python -m venv venv
En macOS/Linux:
source venv/bin/activate
En Windows:
venv\Scripts\activate
Paso 4: Instalar dependencias
Con el entorno virtual activado:
pip install mcp
Paso 5: Configurar Claude Desktop
Abra Claude Desktop
Vaya a Claude > Configuración > Desarrollador > Editar configuración
Esto abrirá el archivo
claude_desktop_config.jsonAgregue la configuración del servidor MCP:
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "[Full path to your venv python]",
"args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
}
}
}
Por ejemplo:
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
"args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
}
}
}
Nota: Use las rutas completas de su sistema. En Windows, use barras diagonales (/) en lugar de barras invertidas.
Paso 6: Instalar el complemento PyMOL
Abrir PyMOL
Vaya a Plugin → Administrador de complementos
Haga clic en la pestaña "Instalar nuevo complemento".
Seleccione "Elegir archivo..." y navegue hasta el repositorio clonado
Seleccione el archivo
pymol-mcp-socket-plugin/__init__.pyHaga clic en "Abrir" y siga las instrucciones para instalar el complemento.
Uso
Iniciando la conexión
En PyMOL:
Vaya a Complemento → Complemento de socket MCP de PyMOL
Haga clic en "Comenzar a escuchar"
El estado debería cambiar a "Escuchando en el puerto 9876".
En Claude Desktop:
Deberías ver un icono de martillo en la sección de herramientas al chatear.
Haga clic en él para acceder a las herramientas de PyMOL
Comandos de ejemplo
Aquí hay algunos ejemplos de lo que puedes pedirle a Claude que haga:
Cargar PDB 1UBQ y mostrarlo como caricatura
"Colorea la proteína según su estructura secundaria"
Resalte los residuos del sitio activo con la representación de barras.
"Alinear dos estructuras y mostrar sus diferencias"
"Calcula la distancia entre estos dos residuos"
"Guardar esta vista como imagen de alta resolución"
Solución de problemas
Problemas de conexión : asegúrese de que el complemento PyMOL esté escuchando antes de intentar conectarse desde Claude
Errores de comando : Verifique la ventana de salida de PyMOL para ver si hay mensajes de error
El complemento no aparece : reinicie PyMOL y verifique que el complemento se instaló correctamente
Claude no se conecta : Verifique que las rutas en su archivo de configuración de Claude sean correctas
Limitaciones y notas
La conexión del socket requiere que tanto PyMOL como Claude se ejecuten en la misma máquina
Es posible que algunas operaciones complejas deban dividirse en pasos más simples.
Guarde siempre su trabajo antes de utilizar funciones experimentales
¡Únete a nuestra comunidad Bio-MCP para solucionar problemas, brindar comentarios y mejorar Bio-MCPS! https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared\_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA
Contribuyendo
¡Agradecemos sus contribuciones! No dude en enviar una solicitud de incorporación de cambios.
Licencia
Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT: consulte el archivo de LICENCIA para obtener más detalles.
This server cannot be installed
local-only server
The server can only run on the client's local machine because it depends on local resources.
Conecta PyMOL con Claude AI a través del Protocolo de Contexto de Modelo, lo que permite la biología estructural conversacional y la visualización molecular a través de comandos de lenguaje natural.
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