PyMOL-MCP: Integración de PyMOL con Claude AI
PyMOL-MCP conecta PyMOL con Claude AI mediante el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP), lo que permite a Claude interactuar directamente con PyMOL y controlarlo. Esta potente integración facilita la biología estructural conversacional, la visualización molecular y el análisis mediante lenguaje natural.
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Características
- Comunicación bidireccional : Conecte Claude AI a PyMOL a través de un servidor basado en sockets
- Análisis inteligente de comandos : procesamiento del lenguaje natural para comandos PyMOL
- Control de visualización molecular : manipule representaciones, colores y vistas
- Análisis estructural : realizar mediciones, alineaciones y otros análisis
- Ejecución de código : ejecute código Python arbitrario en PyMOL desde Claude
Guía de instalación
Prerrequisitos
- PyMOL instalado en su sistema
- Claude para escritorio
- Python 3.10 o más reciente
- Git
Paso 1: Instalar el Administrador de paquetes UV
En macOS:
En Windows:
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%
Para otras plataformas, visita la guía de instalación de UV .
Paso 2: Clonar el repositorio
git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp
Paso 3: Configurar el entorno
Crear y activar un entorno virtual de Python:
En macOS/Linux:
En Windows:
Paso 4: Instalar dependencias
Con el entorno virtual activado:
Paso 5: Configurar Claude Desktop
- Abra Claude Desktop
- Vaya a Claude > Configuración > Desarrollador > Editar configuración
- Esto abrirá el archivo
claude_desktop_config.json - Agregue la configuración del servidor MCP:
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "[Full path to your venv python]",
"args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
}
}
}
Por ejemplo:
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
"args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
}
}
}
Nota: Use las rutas completas de su sistema. En Windows, use barras diagonales (/) en lugar de barras invertidas.
Paso 6: Instalar el complemento PyMOL
- Abrir PyMOL
- Vaya a Plugin → Administrador de complementos
- Haga clic en la pestaña "Instalar nuevo complemento".
- Seleccione "Elegir archivo..." y navegue hasta el repositorio clonado
- Seleccione el archivo
pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py - Haga clic en "Abrir" y siga las instrucciones para instalar el complemento.
Uso
Iniciando la conexión
- En PyMOL:
- Vaya a Complemento → Complemento de socket MCP de PyMOL
- Haga clic en "Comenzar a escuchar"
- El estado debería cambiar a "Escuchando en el puerto 9876".
- En Claude Desktop:
- Deberías ver un icono de martillo en la sección de herramientas al chatear.
- Haga clic en él para acceder a las herramientas de PyMOL
Comandos de ejemplo
Aquí hay algunos ejemplos de lo que puedes pedirle a Claude que haga:
- Cargar PDB 1UBQ y mostrarlo como caricatura
- "Colorea la proteína según su estructura secundaria"
- Resalte los residuos del sitio activo con la representación de barras.
- "Alinear dos estructuras y mostrar sus diferencias"
- "Calcula la distancia entre estos dos residuos"
- "Guardar esta vista como imagen de alta resolución"
Solución de problemas
- Problemas de conexión : asegúrese de que el complemento PyMOL esté escuchando antes de intentar conectarse desde Claude
- Errores de comando : Verifique la ventana de salida de PyMOL para ver si hay mensajes de error
- El complemento no aparece : reinicie PyMOL y verifique que el complemento se instaló correctamente
- Claude no se conecta : Verifique que las rutas en su archivo de configuración de Claude sean correctas
Limitaciones y notas
Contribuyendo
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Licencia
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