nf-core MCP 서버
nf-core 파이프라인 저장소를 관리하고 탐색하기 위한 MCP 서버입니다.
특징
- 로컬 nf-core 저장소(rnaseq, sarek, 모듈, 도구) 나열
- 파이프라인 구성 및 워크플로에 액세스
- 파이프라인 파일 검색
- 파이프라인 모듈 탐색
설치
NPM 버전
지엑스피1
도커 버전
# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
-v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
nf-core-mcp
nf-core 저장소 추가
작업 공간에 새로운 nf-core 파이프라인 저장소를 추가하려면:
- 저장소를 복제합니다 .
# Navigate to your workspace directory (example for Windows)
cd /path/to/your/workspace
# Clone desired nf-core repositories
git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
git clone https://github.com/nf-core/modules.git
# Add any other nf-core pipeline you want to manage
- 디렉토리 구조 : 작업 공간은 다음과 같습니다.
workspace/
├── rnaseq/
├── sarek/
├── modules/
└── your-new-pipeline/
- 설치 확인 : MCP 서버를 시작한 후
list-pipelines 명령을 사용하여 새 파이프라인이 감지되었는지 확인합니다.
참고: MCP 서버는 작업 공간 디렉토리에 있는 모든 nf-core 파이프라인 저장소를 자동으로 감지하고 관리합니다.
사용 가능한 도구
list-pipelines- 작업 공간의 모든 nf-core 파이프라인을 나열합니다.
- 구성 파일 상태를 표시합니다
- 매개변수가 필요하지 않습니다
get-pipeline-modules- 파이프라인에서 모듈 정보를 가져옵니다.
- 매개변수:
pipeline : 파이프라인 이름(rnaseq, sarek 또는 모듈)
search-pipelines- 파이프라인 파일을 검색합니다
- 매개변수:
query : 검색 쿼리pipeline (선택 사항): 검색할 특정 파이프라인
사용 가능한 리소스
pipeline-config- 파이프라인 구성을 가져옵니다
- URI 형식:
pipeline://{name}/config - 매개변수:
name : 파이프라인 이름(rnaseq, sarek 또는 모듈)
pipeline-workflow- 파이프라인 워크플로를 가져옵니다.
- URI 형식:
pipeline://{name}/workflow - 매개변수:
name : 파이프라인 이름(rnaseq, sarek 또는 모듈)
커서 IDE와 함께 사용
NPX 사용(권장)
mcp.json 에 다음을 추가하세요.
{
"mcpServers": {
"nf-core": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "nf-core-mcp"]
}
}
}
Docker 사용
mcp.json 에 다음을 추가하세요.
{
"mcpServers": {
"nf-core": {
"command": "docker",
"args": [
"run",
"-i",
"--rm",
"-v",
"/path/to/your/workspace:/app/workspace",
"nf-core-mcp"
]
}
}
}
사용 예
Cursor에서 MCP 서버 사용:
# List available pipelines
list-pipelines
# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq
# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"
# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq
# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config
# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow
서버 실행
NPM 사용하기
# If installed globally
nf-core-mcp
# If installed locally
npx nf-core-mcp
# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp
Docker 사용
docker run -it --rm \
-v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
nf-core-mcp
개발
# Install dependencies
npm install
# Build TypeScript
npm run build
# Run in development mode
npm run dev
# Run tests
npm test
# Run linter
npm run lint
특허
MIT